Historia de los santos niños Justo y Pastor
La historia del templo se remonta a la Hispania romana, a la llamada Gran persecución de los cristianos durante el gobierno de Diocleciano (284–305). En ese contexto se produce el martirio de los Santos Justo y Pastor que, con siete y nueve años de edad, son ejecutados en 304 en las afueras de Complutum por su oposición a rehusar del cristianismo.
En el lugar donde fueron ejecutados, y con el cristianismo aceptado en el imperio, se levanta una capilla para albergar sus restos en 414. Durante el periodo visigodo se convirtió en catedral, y sus obispos aparecen en los distintos concilios de Toledo desde el siglo VI. En el año 1053 Alcalá (o más bien el castillo de Alcalá la Vieja) fue conquistada por Fernando I de Castilla. Al año siguiente los musulmanes la reconquistan, destruyendo como represalia la catedral, obligando a los mozárabes a trasladarse a Guadalajara y siendo enviados los restos a la actual provincia de Huesca, hasta que en 1118 se reconquista la ciudad y el templo se reconstruye en 1122. Sin embargo, el arzobispo de Toledo Raimundo de Sauvetat consigue, gracias a su amistad con el papa Urbano II que no se restituya la diócesis de Alcalá, y obtiene en 1129 la donación de Alcalá y sus tierras al arzobispado de Toledo de parte de Alfonso VII.
El arzobispo Carrillo (1446–1482) reconstruye la iglesia y la eleva a la categorÃa de colegiata. En la época del Cardenal Cisneros (1495–1517) se la otorga el tÃtulo de magistral y se proyecta el actual edificio, construyéndose entre 1497 y 1514 en un estilo Gótico tÃpico de esa etapa. La portada presenta rasgos flamÃgeros; la torre se construye entre 1528 y 1582, recibiendo su aspecto actual en 1618, mientras que el claustro procesional y la capilla de San Pedro se incorporan en el conjunto en el siglo XVII.
En 1904 la Magistral es declarada Monumento nacional. Durante la Guerra Civil Española (1936–1939) la iglesia es incendiada perdiendo prácticamente todos sus tesoros, salvándose algunas rejas y unas sillas del antiguo coro. En 1991 se restaura la diócesis de Alcalá y es elevada a la categorÃa de catedral-magistral, recuperando aquella diócesis complutense que hubo desde el siglo V hasta el año 1099.