El nombre de Patones proviene del apellido que tenían sus fundadores que era Patón. Hasta el siglo pasado el pueblo se llamó Los Patones en alusión a sus primeros habitantes.
La noticia de esos primeros fundadores de Patones se da en Uceda en un padrón de 1527 en el que se enumeran los vecinos que contribuyeron en la reparación de un puente sobre el río Jarama y que tenían el apelllido Patón.
Posteriormente, en 1555 hay un nuevo padrón que se conserva en el Archivo de Simancas que menciona la alqueria de la Hoz de los Patones (hoy Patones de Arriba) integrada por 7 vecinos.