El Patio de Armas en sus inicios fue un recinto fortificado, con un solo acceso, fácil de defender porque la amenaza de posibles ataques llegaba por mar. También se han suscitado hechos históricos importantes: en él se concentraron los moriscos del Arrabal de Elche, cuando fueron expulsados en 1609 para salir del puerto hacia el norte de Africa, custodiados por una compañía de mosqueteros y otra de arcabuceros pertenecientes a los tercios de Nápoles y Sicilia. Otro acontecimiento histórico de relevancia fue la visita de D. Alfonso XII el 16 de marzo de 1877 en la Escuadra Real.