El municipio de Trujillo se encuentra al Este de la penillanura trujillano-cacereña, limitando al Oeste con los Llanos de Cáceres, al Este con la Sierra de Guadalupe y al Sur con la Sierra de Montánchez. El principal río de Trujillo es el río Almonte, afluente del río Tajo que marca el límite Norte del municipio. Su afluente el río Tamuja marca el límite con el municipio de Cáceres. Al Suroeste del término pasan afluentes del Tamuja como el río Gibranzos y el río Magasca. Al Norte del término pasa otro afluente del Almonte, el río Tozo. El río Marinejo, afluente del Tozo